Selçuklular, Asyada büyük bir devlet kurduktan sonra Anadolu da dahil Mısıra kadar olan bölgeleri ynetimlerine aldılar. Bu arada onlara bağlı göçebeler büyük kitleler halinde Anadoluya girmişlerdi. Bunlar, Islama hizmet altında Batıdaki Hıristiyan ülkelerin topraklarını ele geçiriyorlardı. Saptandığına göre Anadoluda Bacıyanı Rum adı altında Türk kadınları bile mücadelenin içinde yer alıyorlardı. Gaziyan-ı Rum kesimi ise silahlı ordu grubunu oluşturuyordu. Abdalan-ı Rum denilen kesim ise ele geçirilen bölgelere giden göçebe dervişleri anlatıyor. Bunlar Islamlaştırma-Türkleştirme öğretmenleri sayılabilir. Büyük tarihçimiz Ömer Lütfi Barkan, bunları “kolonizatör Türk dervişleri” olarak adlandırır. Alevi kaynaklarında Horasan Erenleri denilenler bunlardır. Anadoluda yoğunlaşmaları ile daha sonra Rum Erenleri ismini de almışlardır.
Bu güçler tarafından ele geçirilen şehirlerdeki esnaf ise Ahiyan-ı Rum adı altında örgütleniyorlardı. Bu örgütlenmenin genel karekterinin Alevi olduğunu araştırmalar göstermektedir.
13. yüzyıl başında, Anadoludaki Türklerin yüzde 60ının Alevi olduğu tahmin ediliyor. Bu oran, Osmanlı devletinin yükselme dönemine değin varlığını korudu. Özelikle 16. yüzyıldaki Alevi isyanları ve Alevi kırımlarından sonra nüfusun kültürel yapısı deişmeye başladı.
Osmanlı devletinden önce Anadoluda hüküm süren Selçuklu Devletinin yöneticileri de Sünni idi. Bunlar, Iran etkisinde idiler. Sarayda ve resmi yazışmalarda Türkçe yerine Farsça kullanılıyor, halka hiç önem verilmiyordu.
Bu yüzden Anadoluda 13. yüzyılın ilk çeyreğinden itibaren bunalım dönemi başladı. Moğollardan kaçan Harezmliler, Selçuklulara sığındılar. Moğol tehlikesi başladı. Halk perişandı. Bu yüzden Baba Ilyas Horasaninin Halifesi Baba Ishakın meydana getirdiği, ancak Hıristiyan, Gürcü, Kürt gibi unsurlardan oluşan devşirme ordu tarafından bastırılan Alevi Babalılar Isyanı (1240) patlak verdi. Bunun etkileri sürerken Moğol kumutanı Baycu, Anadoluya girdi, 1243te Kösedağında Selçuklular yenildi. Bu durum, devleti iktisadi ve siyasi büyük bir çöküntüye sürükledi. Selçuklular, Moğolların elinde bir oyuncak oldu.
Anadolu insanı, yerli beylerin yanı sıra bir de Moğol askerlerini beslemek durumuyla karşı karşıya kalmıştı. Selçuklu Sultanları, yenildikleri Moğollarla anlaştılar. İşbirliği sonucu Anadolu halkı bir kat daha fazla soyulmaya başladı.
Bunun sonunda, Moğollara karşı olan ve Babalılar Isyanının bir devamı olan Cimri Isyanı (1277) patlak verdi. Bu isyanı yaratanlar da Alevi güçleri idi. İsyan başarısızlığa uğrasa da, Moğolların Anadoludan atılması yönünde çok önemli bir başlangıç oldu. İsyancıların ayağı çarıklı, başı kızıl külahlı Türkmenler olarak tanıtılması, kızılbaşlık özelliğini de vurgulayan bir ayrıntıdır. Cimri adıyla tanıtılan Mehmet Bey Konyayı ele geçirdikten sonra bir ferman yayımlamış ve bu fermanda, “Bundan sonra, devlet dairelerinde, evlerde, din mekanlarında Türkçeden başka bir dil kullanılmayacaktır.” demiştir. Bu emir, hareketin, Araplaştırmaya karşı ulusal-Alevi bir direnç olduğunu göstermektedir.
Türk toplumu içinde ulusalcı zihniyetin oluşması da bu kanalın işlemesiyle münkün olmuştur.
Bu ortamda Alevi düşüncesi gerilemediği gibi etkinlik kazandı. Hacı Bektaş-ı Veli bu koşullarda ortaya çıktı. Moğolların oyuncakları olan beylikler alt tabakaların benimsemediği Sünniliği resmen kabul edemediler. Bütün mezheplerle hoş geçinmek, hepsini hoş tutmak gereğini duydular. Fakat, Anadoluya hakim olan düşünce genelde Alevilik idi. Alevi olmayan şeyhler ve mutavsavvıflar bile bu düşünceden etkileniyordu.
Örneğin, dönemin büyük şairi Mevlananın Mesnevisinden bu yüzyılda, Halepte Alevilerin çoğunlukta bulundukları, Muharremde, aşure günü anma töreni yaptıklarını anlamaktayız. Mevlana, Mesnevide Yezidin ve Şimrin şiddetle aleyhinde bulunmaktadır. İmam Aliyi ise içten gelen bir sevgiyle över. Muavye ile Şeytanı konuşturur.
Yeniçeri ocağı kurulduğu zaman ve özelikle teşkilatlandıktan sonra fütüvvet töresine uyup Hacı Bektaş-ı pir tanımıştı. Yeniçeri ocağına “Ocağı Bektaşiyan.” Yeniçerilere “Taifeyi Bektaşıyan.” Yeniçeri ağasına “Ağayı Bektaşıyan” deniyordu. Yeniçeriler, gülbanklarında (Türkçe duaları), Aleviler gibi üçler, Yediler, Kırkları anıyorlar, yine “Pirimiz sultanımız Hünkar Hacı Bektaşı Veli demine, devranına hu diyelim, hu!” diyorlardı. Alevilik Anadoluda, değişik kollar halinde yaşatılıyordu.
Rum Abdalları, Kalenderiler, Haydariler, Aleviler idiler. Bunlar, hatta diğer tasavvufçular Alevi düşüncesini yayıyorlardı. Bütün bu zümreler içinde ise “Sufiyan” veya “Sufi Sürekleri” denen Aleviler, ülkede çoğunluktaydı. Bu yolda, Erdebil dervişlerinin çok büyük etkisi vardır. Bugünde Türkiyedeki Alevilerin çoğu, bu Sufi Sürekleri yolundadır. Diğer küçük kolların tümü zamanla bu yolun içinde eridi, gitti. (Şah Ismail bölümüne bak.)
Beşinci Padişah Çelebi Mehmet (1413-1421) zamanında kopan Şeyh Bedrettin Isyanı güç bastırıldı ve Simavna Kadısı Bedrettin Mahmut, Serezde idam edildi. 1420 yılında çıkan bu isyanın temel gücü de Alevi kitle idi. Şeyh Bedrettin bir Alevi olması bile, Alevilik düşüncesinin temeli olan Batıni yorumdan ve gerçeklikten olağanüstü derecede yararlanmıştı. İsyanda Börklüce Mustafa ve Torlak Kemal, Karaburun ve Narlıdere Alevilerine dayanmışlardı. Bugün, Bedrettinin soyundan geldiklerini söyleyen Bedrettin Ocağı, Rumeli Alevileri arasında mevcuttur. Bu isyanı Alevilerle, zamanında Musa Çelebinin Kazaaskeri olan Bedrettine uyan ve Musa Çelebinin verdiği topraklarını yitiren kişilerçıkarmışlardı. Aleviler Osmanlı devletini yükselten kitle iken, zamanla ikinci plana itilip baskı altına alınınca ayaklanmaya katılmışlardı.
II. Murat döneminde (1421-1451) Erdebil Dergahı, dinsel bir merkez olmuştu. Aynı zamanda bu dergah, Alevi propagandasının merkez üssüydü.
Mevlanaya yön veren Şems-i Tebrizi de Alevi idi. Ve öldürülmesinin sebebi de Alevi oluşu idi. Hasan Sabah felsefesinin kuvvetli bir temsilcisi olan Tebrizli Şems, Mevlanayı avucunun içine almıştı. Zaten, Mevlevilerin Şemse bağlı Şemsi denilen kolu da Alevidir. Mevlanadan sonra, onun Sünni oğlu Sultan Veletin sürdürdüğü yol bugünki Mevleviliği meydana getirdi. Bu yol, resmi bir tarikat, yani devlet tekkesi durumuna geldi ve devlet kapısından beslendi. Sünni devlet adamlarının ve bazı padişahların destekleyip özünü boşaltıkları Mevlevilik, Mevlana Celalettin-i Rumiden çok çok geriye götürüldü. Mevlanadaki içten İmam Ali sevgisi, İmam Hüseyin sevgisi, Muaviye ve Yezide duyulan öfke, daha sonraki Mevlevilerde pek görülmez.
Alevi düşüncesi, yanlız Mevlanayı değil, Anadoluda yetişen bütün önemli düşünceleri ve Sufileri etkilemiştir.
Bu inanç-kültür sistemini de Türk kültürünün en eskiden beri taşıdığı öğeler şekillendirmiştir.