Arapların Iranı ele geçirmeleriyle birlikte Türklerle ilişkiye geçmeleri kaçınılmazdı. Buna bağlı olarak bazı Türk boyları, Arapların yanında görev yapmaya başlamışlardı. Bunlar paralı askerler durumundaydılar. Daha Emevilerin ilk dönemlerinde bu ilişkiler başlamış olmalıdır.
Örneğin, Emevi halifesi Mervanoğlu Abdülmelikin yanındabüyük bir Türk savaşçı kitlesinin varlığı da anlaşılıyor. 698 yılında öldürülen Yalancı Peygamber Haris olayı bunu gösteriyor. Abdülmelik bu yalancı Peygamberi yakalamak için Nasıriyeye gidiyor. Harisin yanına gidip gelen Nasıriyeli bir adam kendisine baş vurup Harisi yakalayacağını ama kendisine Türk askerlerinden bir grup verilmesini ister. Halife Abdulmelik adamın yanına Ferganalı Türklerden bir grup asker verir ve o da Harisi yakalar, Türklere teslim eder; Haris böylece yakalanıp asılır. (Ibn Kesir, c. 9, s. 50)
Arap yönetiminin emrine giren bu Türkler, Müslümanlığı benimsemiş Türklerdir. Bunlar, mezhep olarak yönetim merkezinin mezhebinden, yani Sünni idiler. Bu yüzden, Emevi ve Abbasi yönetim komutasındaki Türkler Sünnileşirken, bu güçlerin çatıştığı Türkler ya eski dinlerinde kaldılar ya da karşı duruşlarını kamufle edecek muhalif bir mezhebi, yani Aleviliği seçtiler.
Abbasiler döneminde Arapların Türklerle ilişkileri hızla düzeldi. Bunların yanında önemli miktarda Türk askerinin bulunduğunu kaynaklar gösteriyor. Türkler sarayda önemli görevlerde bulunuyorlardı. Örneğin, Harun Resit zamanında, 786 yılında Tarsus şehri, Türk hadim Ferec tarafından kurulmuştu (Ibn Kesir, c. 10, s. 271).
Abbasiler, Emeviler Acem-Türk-Arap güçleri ile yenmişlerdi. Türk askeri liderleri zamanla Abbasilerin en önemli adamları haline geldiler.
816 yılında Azerbaycan dolaylarında ayaklanan Babek (adındaki- bek hecesi, onun Türk beyi olduğunu gösteriyor), yanına iki Türk tarkanı komutan olarak almıştı. Gittikçe yayılan bu ayaklanmayı bastırma işini halife Mutasım, 835 yılında Afşin Beye vermişti. Afşin Bey, Babeki bozguna uğrattı ve adamlarını öldürdü ama Babek kaçtı.
Ertesi sene Babek, Türk komutan Büyük Boğa ile savaştı ve onu yendi. Bunun üzerine komutan Afşin, Babek üzerine gitti ve büyük savaşlardan sonra Babekin merkezi Bezzi ele geçirdi ve Babeki de yakaladı.Abbasiler tarafından Horasan Şeytanı adı verilerek kötülenen Babek 837 yılında Bağdatta parçalanarak öldürüldü. Batıda Arap yayılmacılığına direnen Babeki hile ile yok eden bir diğer Türk Afşini şairler göklere çıkıyordu. Onun oğlu Hasan, halifenin sarayında evlediriliyordu.
839 yılında isyan eden Maziyar yakalanarak Afşin ile mektuplaştığı iddia ediliyordu. Afşin halifeye kafa tutacak hale gelmişti. Ayrıca Afşinin bir puthaneyi yıkıp mescid yapan imam ile müezzine biner kırbaç vurduğu, yanında , küfrü temsil eden altın ve mücevherlerle süslenmiş “Keliler ve Dimne” kitabı bulunduğu iddia edild. O da bu kitabın atalarından miras kaldığını söyleyerek kendini savundu (Age, s. 492)
Afşinin Mecusiliği desteklediği, boğulmuş hayvanı, kesilmiş hayvana tercih ettiği, her çarşamba siyah bir koyun getirtip kılıçla ikiye yararak bu iki parça arasında yürüdükten sonra etini yediği ileri sürüldü. Bunun üzerine Halife Mutasım, Büyük Boğaya emir vererek Afşini horlanmış bir halde zindana atmasını istedi. Halife, bir başka Türk komutanına ele geçirttiği Afşini 840 yılında astırdı.
Halife Mutasım, Türklerden çok sayıda kimseyi hizmetinde çalıştırıyordu. 20 bin kadar Türk kölesi vardı (Age, s. 498).
Abbasi sarayında Türk egemenliği son derece artmıştı. Halife Vasık ölünce, kimin başa geçmesi kosunda kararı Türk gücü verdi. Türkler önce Vasıkoğlunu halife yapmak istediler ama onun küçük olması yüzünden Mutasımın oğlu Mütevekkil Alallah Caferi halife seçtirdiler (Age, s. 520-521).
837 yılında Ermeniler ayaklanıp Müslümanları öldürdüler. Bunların üzerine Türk komutan Büyük Boğa gönderildi. O da isyanı bastırıp 30 bin yerli ahaliyi öldürdü (Age, s. 528).
852 yılında Büyük Boğa Tiflisi ele geçirdi ve burada çıkan savaşlarda 50 bin insan ateşte yanarak can verdi.
861de öldürülen Halife Mütevekkilin suikastçilerinden birisi de ordu komutanlarından Türk Bağır el-Türk idi. (Ibn Kesir, c. 11, s. 33)
Bağdattaki Türk komutanlar halifeyi yönlendirdikleri gibi genel siyaseti de b elirleyecek konuma yükselmişlerdi.865 yılında Abbasi devleti halife Müstainin yönetiminde idi ama onun oğulları Mutez ile Müeyyed arasında, iki başlı hale gelmişti. Bu mücadelelerde dengeleri sağlayanlar da Büyük Boğanın oğlu ile küçük Boğa idiler.
864 yılında Ehl-i Beyt soyundan gelenler (Talibler: Alinin Babası Ebu Talible ilişkilendirilerek) isyan ettiler. Kufede Ebül Hüseyin Yahya, yoksulluktan başkaldırmıştı.
Yine bu yıl Talibi (Alevi) Hasan bin Zeyd Taberistan dolaylarında ayaklandı. Rey şehri dolaylarındabda Ehl-i Beyten Ahmet bin Isa ayaklandı. 865 yılında Kazvin ve Zencanda Hüseyin bin Ahmed (Kevkebi) ile Kufede Hüseyin bin Muhammed ayaklanması, Ehl-i Beyt isyanları idi. Bu ayaklanmaları bastıran temel güç genelde Abbasilerin emrindeki Türk kuvvetleri oldular. Örneğin, Kevkebiyi 865 yılında bozguna uğratan Büyük Boğanın oğlu Musa olmuştu (Age, c. 11, s. 42).
Mutez hilafete geçince, Müstainin öldürülmesini istemiş bu iş de Türk beylerinden Tolonoğlu Ahmete verilmişti. Ahmet 866 yılında yanındaki Türk askeri gücüyle bu işi yapmıştı.
Türkler yönetimdeki gücünü şu örnekte gösteriyor: 869da halife Mütedi, Samarrada yanında bulunan Türk görevli ve askerlere karşı güç kazanmak amacıyla Büyük Boğanın oğlu Musayı yanına çağırdı. Ancak Musa, bulunduğu yerde cihadla uğraştığını söyleyip özür bildirdi (c.11, s. 51).
Musa daha sonra ordusu ile Samarraya geldi ve hücum ederek şehre girdi. Türkçe emirler veren ordu komutanları halife Mühtediyi ele geçirdiler, onu horladılar, başka bir saraya gönderdiler, mallarını yağmaladılar. Mühtedi, onlara “Ben sizi, sizinle güçlenmek için çağırmıştım” dedi ve Musa da kendilerine kötülük yapılmayacağı sözünü alınca halifeyi serbest bırakıp emrine girdiler (Age, s. 55).
Halife, Türkleri birbirine düşürmek için Musanin komutanlarından Türk Bayık Beye mektup yazıp onu başkomutanlığa atadığını bildirdi. Bu haber öğrenilince Musa ile Bayık Bey ayrıldılar. Samarraya giden Bayık Beyi Mühtedi öldürttü. Bunun üzerine kardeşi Togotyan, Türk askerleri ile halife ordusunu yendi ve onu öldürdü (Age, s. 58).
Muhtedi, halifeleri tahkir edip zelil kılan (alçaltan) Türkleri yok etmek niyeti taşıyordu. Çünkü Türkler hilafet makamının saygınlığını yok etmişlerdi (Age, s. 59).
Türklerin, hilafet merkezine egemen oluşları yüzünden, Asya içlerinde Araplara ve Islama karşı bir yumuşama başlamıştı. Bu yüden Islam dinine geçenlerin sayıları artıyordu. 960 yılında 200 bin kadar Türk, Müslümanlığı kabul etti, bunlara Türkiman (Türk-iman) denildi. Sonra bu bileşik kelime hafifletilerek Türkman şeklinde teleffuz edildi (c. 11, s. 404).
Türklerin egemenliğini zayıflatmak için Abbasi yönetimi diğer miletleri devreye sokarak onları birbirleriyle mücedele ettiriyordu. Örneğin Basrada Deylemliler, Türkleri yenmişler, kovmuşlardı. Bunun üzerine Sebüktekin harekete geçmiş, Bağdatı ele geçirmiş, halifeyi bile sürgüne göndermeye karar vermişti. Bu mücadelede, Türk Sebüktekinin egemen oluşu ile Şii Kerh Mahallesi Sünnilerin saldırısına uğramış, ikici kez yıkılmıştı. (c. 11, s. 468)
Müslüman olmayan Türklerle Müslüman Türkler arasında savaşların yaşandığı da gözleniyor. Örneğin 1017 yılında doğudaki Abbasilere bağlı illere saldıran Türkler, Islama girmemiş boylardan oluşuyordu. Bunlar Selçuklu devletini kuracak olan kesimler olmalıydılar.
Öbür yandan Islama giren Türk egemen kesimi, halifenin emrinde olduğu için Sünniliği benimsiyorlardı. Bu yüzden Gazneli Mahmut, halifenin emri ile bölgesindeki Mutezili, Rafızi (Alevi), Karmati, Cehmi, Müşebbihi mezhebinden olanları idam ettirmişti (Ibn Kesir, c. 12, s. 73).
1030da Bağdata Türklerle Haşimiler savaşmış, ellerinde Kuranı kaldıran Haşimileri Türkler ok yağmuruna tutarak perişan etmişlerdi.