Kaynak eserlerde zikredildiğine göre, Îsa doğduğu sırada, Filistindeki yahudi kralı çocukları öldürtüyordu. Bu sebeple, Meryem, oğlu Îsa ı alarak Mısıra gitti. Orada oniki sene kaldılar. Mısıra gitmeleri hususunda daha değişik rivayetler de vardır.
Bu hususta Müminun suresinin 50. ayet-i kerimesinde mealen buyruldu ki: “Biz, Meryem oğlu Îsayı (, beşikte iken konuşmasıyla) ve annesini (herhangi bir erkekle, temas olmadan bir oğlan doğurmasıyla) kudretimize delalet eden bir ayet (alamet) kıldık ve o ikisini, oturaklı (sabit, geniş, üzerinde oturmaya çok müsait) akarsuları bulunan yüksek bir mekanda barındırdık.”
ayet-i kerimede bildirilen mekanın Mısır olduğu haber verilmiş, Dımeşk (Şam) ve başka yerler olduğu hususunda da çeşitli rivayetler gelmiştir.
Hazret-i Meryemin, oğlu Îsa ile birlikte Mısıra hicret etmesine sebep olarak şu rivayet de zikredilmiştir: Îsanın doğduğu gece gökyüzünde büyük bir yıldız görünmüş ve İran şahı bu hadiseden korkarak kahinlere sormuştu. Onlar da; “Bu, yeryüzünde büyük bir doğumun olduğuna işarettir” cevabını vermişlerdi. Böylece şah, dört bir yana elçiler gönderip, bu durumu (doğumu) anlamalarını emretti. Onlara altın ve mücevherden çeşitli hediyeler verip, etrafa yolladı. Şam kıtasına geldiklerinde, oranın hükümdarı, geliş sebeplerini sordu. Durumu ona anlattılar. O zamanı (yani yıldızın gökte göründüğü zamanı) sordu. Hükümdar ve adamları cevap olarak Îsanın o saatte Beyt-i Lahmde doğduğunu ve daha sonra beşikte iken konuşması mucizesinin her tarafta duyulduğunu söylediler. Bunun üzerine Şam hükümdarı, elçileri, yanlarındaki hediyelerle Meryemin yanına gönderdi. Tanıdık bir adamını da yanlarına katıp; “Bunlar onun yanından ayrılınca, sen çocuğu öldürürsün” dedi. Hediyelerle birlikte Meryeme geldiklerinde, Meryeme nida gelip; “Şam hükümdarının elçileri, senin çocuğunu öldürmek için geldiler” dendi.
Bunun üzerine Meryem, Îsayı yüklenip, onu Mısıra götürdü. Îsa, oniki yaşına ulaşıncaya kadar orada ikamet ettiler. Bu küçük yaşta, kendisinden kerametler ve fevkalade haller zahir oldu. Bunlardan biri şu idi ki; evinde kaldıkları ağanın bir şeyi kaybolmuştu. Bu evde, fakirler, zayıflar, düşkünler muhtaçlar kalırdı. Ağa, kaybolan bu malı, parayı kimin aldığını anlayamadı. Meryeme bu hadise çok ağır geldi. Orada kalan diğer insanlar da çok üzüldü. Ev sahibinin canı çok sıkılmıştı. Bu işi siz yaptınız diyerek oradakileri azarladı. Îsa bu hali görünce, duruma müdahale etti. O sırada orada biri kör, biri kötürüm iki kişi vardı. Îsa, kör adama seslenip; “Hadi, şu kötürümü al ve ayağa kalk” dedi. “Ben bunu yapamam” diye cevap verince; “Hadi, hadi. Evin şurasındaki delikten, ikiniz parayı alırken yaptığın gibi yap” buyurdu. O böyle deyince, körle kötürüm onu tasdik ettiler ve aldıkları parayı getirdiler. Îsa , insanların gözünde büyüdü. Halbuki yaşı daha pek küçük idi.
Hazret-i Îsanın Mısırda kaldığı oniki sene içinde kendisinde görülen, fevkalade hallerden biri de şudur: Ağanın oğlu, çocuklarının sadakası olarak insanlara ziyafet tertip etmişti. İnsanlar toplanıp, yemeğe başlayınca, onlara içecek bir şey de vermek istemişti. Küplerin yanına gelince bir şey bulamadı. Canı sıkılıp mahcub oldu. Îsa bu halini görünce, kalktı yanına geldi ve elini küpün ağzına sürdü. Böyle yapar yapmaz küplerin hepsi pek güzel şerbetler ile doluverdi. Oradaki insanlar, parmaklarını ısırırcasına hayrette kaldılar ve ona tazim ettiler. Kendisine ve annesine pek çok mal ve para arz ettiler. Onlar ise kabul etmediler.
Hazret-i Meryem, oğlu Îsa ile birlikte oniki sene Mısırda kaldı. Sonra tekrar Kudüse gelerek Nasıra şehrine yerleştiler.