1- Zekeriyya ın kalemleri, kendi kendine Tevratı yazar idi. Bir gün Beyt-i Makdisde, maiyetinde yetmiş kişi olduğu halde Tevratı yazarlarken yahudilerden biri gelip; “Hak peygamber olsaydın, elinle Tevrat yazmağa muhtaç olmazdın. Sen de yanındakiler gibi yazıyorsun, aranızda hiç bir fark görmüyorum” diye konuştu. Zekeriyya bu söze çok üzüldü ve meraklandı. Cebrail gelip; “Ey Zekeriyya, buradan kalkınız! Kaleminize emrediniz, kendi kendine yazsın” dedi. Zekeriyya kalkıp, emredince, kalem istenen şeyi yazmaya başladı. O saatte kalem oniki sure yazdı. Bu mucize ile bir çok kimse iman etti.
2- Zekeriyya Meryemi terbiyesi altına aldığı vakit, yazılması lazım gelen kefaletnameyi, kalemsiz, hokkasız yazmışlardır.
3- Kuran-ı kerimde bildirildiği gibi, Zekeriyya ve Beyt-i Makdisdeki alimler arasında Meryemin kefaleti hakkında meydana çıkan ihtilaf üzerine, herkes kendi kalemini Ürdün suyuna atmış, yalnız Zekeriyyanın kalemi suyun üzerinde kalmıştı.
4- Ağaçlar, Zekeriyya ile konuşurlardı. Yahudilerden bir taife kendisini şehid etmek üzere araştırırlarken, bir ağaç; “Ey Allahın peygamberi! Gel bende gizlen. Seni muhafaza ederim” diye dile gelmişti.
5- Zekeriyya su üzerinde yürür ve mübarek ayakları ıslanmazdı. Kendisi için suda yürümekle, karada yürümek arasında fark yoktu.
6- Zekeriyya dan mucize istendiği zaman, yakınlarındaki ağaçlara mübarek eliyle işaret etmiş, ağaçlar birden bire, köklerinden kopup, huzuruna, emre hazır vaziyette gelmiştir.