Nihayet gemiye binecekler bindi. Tufan başlamıştı. Sular yükseliyordu.
Hazret-i Nuh ilk önce, iman etmiş olan Amure ismindeki bir hanımla evlenmişti. Bundan olan oğulları ve bunların hanımları yani, Nuhun gelinleri de mümin idi. Bunların hepsi gemiye binmişlerdi. İkinci olarak iman etmiş olan Vaıle ise, daha sonra, imandan ayrılmış, mürted olmuştu. Nuhun bu kadından doğan oğlu Yam yani Kenan da babasına iman etmemişti.
Bu Vaıle, iman gibi büyük bir devlete, sonra da yüce bir peygambere zevce olmak gibi çok üstün bir şeref ve saadete kavuşmuş iken, imandan ayrılmış ve nasipsizin biri olmuştu. Mürted olduktan sonra ise, aşağılık ve alçaklığına bir yenisini daha ekleyerek Nuha hakaret ve hainlik yapmağa başladı. Nuha mecnun, deli diyerek, küstahlıkta bulunduğu gibi, onun gizli sırlarını, kavmin müşrik olan reislerine vermekten de geri kalmıyordu. Tabi ki, bu kadın gemiye binemedi.
Diğerleri gemiye binerken, Nuhun oğlu Kenan bir köşede duruyordu. Nuh, babalık ve peygamberlik şefkati ile son bir defa daha bu asi evlada nasihat etti. Îman etmesini söyledi. Onların bu hali Hud suresinin 42. ve 43. ayet-i kerimelerinde mealen şöyle bildirildi: “Nuh o sırada ayrı bir yerde bulunan oğlu Kenana şöyle nida etti: “Ey oğulcuğum! Bizimle beraber sefineye gir (ki müslümanlarla selamete eresin). Kafirlerle beraber olma. (Eğer kafirlerle beraber olursan helak olursun. Kenan; “Ne İslama gelirim, ne de sefineye girerim.”) Bir büyük dağa sığınırım. O dağ beni, su (ya gark olmaktan, boğulmak) dan korur” dedi. Nuh dedi ki: “Allahın iman nasib etmekle rahmet buyurdukları hariç, bu gün Allahın azabı olan boğulmaktan koruyucu, kurtarıcı yoktur. Bu sırada ikisi arasına, (Hazret-i Nuh ile Kenan veya dağ ile Kenan arasına) bir dalga girip (Kenan da diğer kafirlerle beraber) boğulanlardan oldu.”
Yine Hud suresinin 45-47. ayet-i kerimelerinde mealen buyruldu ki: “Nuh, Allaha nida edip dedi ki: “Ya Rabbi! Oğlum (Kenan) benim ehlimdendir ve senin vadin elbette haktır. (Senin vadinde hilaf olmaz. Sen beni ve ehlimi gark etmeyeceğini vad etmiştin.) Sen hakimlerin hakimisin.”
Allah buyurdu ki: “Ey Nuh, o senin ehlinden değildir. (Tefsir alimleri bunu; “Senin dininin ehlinden değildir, yani kafirdir” diye tefsir etmişlerdir.) Zira o salih olmayan bir amel sahibidir. O halde ilmine vakıf olmadığın bir şeyi benden isteme! Şüphesiz ben, seni, cahillerden olmaktan men ederim.” Nuh dedi ki: “Ya Rabbi! İlmim olmayan şeyi senden istemekten sana sığınırım. Eğer beni mağfiret ve bana affınla rahmet etmezsen ben ziyana düşenlerden olurum.”
Tefsir alimleri, kesin olarak Kenanın, Nuhun oğlu olduğu, dolayısıyla onun ehlinden, ailesinden olduğunu bildiriyorlar. Bunda şüphe yoktur. ayet-i kerimede, Nuha; “O senin ehlinden değildir” buyrulması; “Senin dininin ehlinden veya tufanda kurtaracağımı vad ettiğim kimselerden değildir” demektir.
Yine tefsir alimlerinin bildirdiklerine göre, Kenan, iman etmiş görünen bir münafık idi. Öyle olmasaydı, Hud suresinin 37. ve Müminun suresinin 27. ayet-i kerimelerinde bildirildiği gibi, Allah Nuha; “Küfürle nefislerine zulmedenler hakkında azabın defi için bana dua eyleme ki, onlar garkolun (makla, suda boğulmakla hüküm olun) muşlardır” buyrulduğu halde Nuh, iman etmiş görünen Kenan için Allaha niyazda bulunmazdı. Kenan münafık olduğundan Nuh da bunu bilmediğinden, görünüşe göre hüküm verip, onun için niyazda bulundu. Kenan, babasının ısrarına rağmen gemiye binmeyerek o güne kadar gizli tuttuğu küfrünü açığa vurmuş oldu.
Tufan başlamıştı. Gökten adeta sel akıyor, yerden de su fışkırıyordu. Hem bu su, sair zamanlarda yağan yağmur suları gibi, tatlı değildi. Tadı acı olup, içenin midesini harab ederdi. Nereye dokunsa ateş gibi yakardı. Bunun normal bir yağmur değil, azab suyu olduğu, gayet açık ve aşikar idi. Bu yakıcı sular her tarafı kapladı. Gemide bulunanların haricinde hiç bir canlı mahluk kalmamak üzere hepsi boğuldu. Suların yükselmesinden, en yüksek dağlar bile su altında kaldı. Bu kadar büyük ve geniş bir su deryasında dalgaların büyüklüğünü tarif etmek mümkün değildir.
Bu tufan esnasında, Nuhun gemisi emniyet ve selamet içinde, rahatça yol alıyordu. Nitekim Hud suresinin 42. ayet-i kerimesinde mealen buyruldu ki: “O sefine, dağlar gibi dalgalar içinde yüzüp onları götürüyordu…”
Nuhun gemisi dağlar gibi dalgalar arasında bütün dünyayı dolaştı. Her uğradığı yerde, yani şehirler üzerinden geçerken; “Bu şehir filan şehirdir. Tufandan sonra da burada filan şehir kurulacaktır” diye bir ses gelirdi. Mekke-i mükerremeye vardıklarında, gemi, Kabe-i muazzamanın bulunduğu yerin etrafında, su üzerinde, yedi defa döndü. Böylece Kabe-i muazzamayı tavaf etmiş oldular.