Rivayet edildiğine göre, bir gün Musa ve yiğiti Yuşa bin Nun birlikte yaya yürürlerken kendilerine doğru bir kara yelin gelmekte olduğunu gördüler. Yuşa bin Nun kara yeli görünce kıyametin koptuğunu zannederek Musaya sarıldı ve: “Allahın elçisine sarılırsam kıyamet kopmaz.” dedi. Bu sırada Musa göınleğinin altından sıyrılıp gitti ve gömleği Yuşa bin Nunun elinde kaldı. Yuşa bin Nun elinde gömlekle geri geldiği zaman İsrailoğulları onu yakaladılar ve ona: “Sen Allahın peygamberini öldürdün.” dediler. Bunun üzerine Yuşa bin Nun onlara: “Ben Musayı öldürmedim; fakat o benim elimden sıyrılıp gitti.” dedi. İsrailoğulları onun bu sözüne inanmadılar. Bu defa Yuşa bin Nun onlara: “Madem ki bana inanmıyorsunuz, cezamı üç gün geciktirin.” dedi. Bunun üzerine onlar Yuşa bin Nuna üç gün mühlet tanıdılar ve onu göz altında tutmak için adamlar görevlendirdiler. Bu sırada Yuşa bin Nun Allaha dua edip yalvardı ve kendisini göz altında tutan adamların rüyalarında onlara, Musanın Yuşa bin Nun tarafından öldürülmediği ve Allah tarafından onun göğe kaldırıldığı bildirildi. İşte bundan sonra İsrailoğulları onu serbest bıraktılar.
Anlatıldığına göre, Musa ölümden hoşlanmıyordu; Allah ona ölümü sevdirmek isteyince, Yuşa bin Nuna peygamberlik verip ona vahiy gönderdi. Yuşa bin Nun ise sabah akşam Musanın yanına gidip gelirdi. Bu sırada Musa Ona: “Ey Allahın Peygamberi! Söyle bakalım Allah sana ne gibi tecellilerde bulundu?” diye sordu. Bunun üzerine Yuşa Ona: “Ey Allahın Peygamberi! Ben bu kadar yıl sana arkadaşlık ettim, hiç ben senden Allahın sana olan tecellilerinden sordum mu?” diye karşılık verdi ve ona hiçbir şey bahsetmedi. Musa, Yuşa bin Nunun verdiği bu cevap karşısında hayattan nefret edip ölümü sevmeğe başladı.
Rivayet edildiğine göre, bir gün Musa tek başına giderken kabir kazmakta olan meleklerin yanına uğradı, onları tanıyınca yanlarında durdu. Musa o güne kadar güzellik ve zerafet bakımından bu kabirden daha güzelini görmemişti. Bunun üzerine o, meleklere: “Ey Allahın melekleri! Bu kabri kimin için kazıyorsunuz?” diye sordu. Onlar: “Allah katında üstünlük kazanan bir kul için kazıyoruz.” diyerek cevap verdiler. Musa: “Her halde bu kulun Allah katında hususi bir yeri var, ben bunun gibi içine girilip yatılacak bir yer görmedim.” dedi. Melekler ona: “Bu kabrin senin mezarın olmasını ister misin?” dediler. Musa: “Evet, hem de çok isterdim.” diye karşılık verdi. Bunun üzerine melekler ona: “O halde mezara in ve yaslan, Rabbine yönel, son derece rahat bir şekilde nefes al.” dediler. Meleklerin bu sözü üzerine Musa mezara indi, Rabbine yöneldi, sonra rahat bir nefes aldı. Bu nefesle Allah onun ruhunu kabzetti, sonra melekler, onun kabrinin üzerine toprak atıp kapattılar.
Musa Allah katında olanlara rağbet eder, dünyaya önem vermezdi. Allaha karşı tevazuundan dolayı bir çardağın gölge-sinde barınır, taştan yapılmış içi oyuk bir kaptan yer ve içerdi.
Peygamberimiz Musanın ölümü hakkındaki bir hadislerinde şöyle buyurur: Allah Musanın ruhunu kabzetmek için ona Azraili gönderdi; fakat Musa onun yüzüne indirdiği bir tokatla onun gözünü çıkardı. Ölüm meleği Azrail geri dönüp Allaha: “Ey Rabbim! Beni ölümden hoşlanmayan bir kulunun ruhunu almağa gönderdin.” diyerek şikayette bulundu. Bunun üzerine Allah ona: “Geri dön ve Musaya elini bir öküzün sırtına koymasını ve elinin altındaki her kıl sayısınca kendisine birer yıl ömür verileceğini söyle, böylesine uzun yaşamakla, şimdi ölmek arasında onu muhayyer kıL.” dedi. Bunun üzerine ölüm meleği Musaya geldi ve onu şimdi ölmekle uzun müddet yaşamak arasında muhayyer kıldı. Musa, ölüm meleğine: “Pek iyi, uzun bir ömürden sonra ne olacak?” diye sordu. Ölüm meleği ona: “Yine onun sonu ölüm olacak.” diye cevap verdi. Bunun üzerine Musa: “O halde şimdi ölmeyi tercih ediyorum.” dedi ve melek onun ruhunu kabzetti.
Peygamberden rivayet edilen bu hadis sahih olduğu için, Musanın vefatı hakkındaki rivayetlerin en doğrusu budur. Musa Tih Çölünde vefat etmiştir.
Rivayet edildiğine göre, ilerde de bahsedeceğimiz üzere cebbarların şehrini fetheden kişi Musadır.
Musa yüz yirmi yıl yaşamış, bunun yirmi yılını hükümdar Efridunun zamanında, geri kalan yüz yılını ise hükümdar Minuçihrin döneminde geçirmiştir. Musanın peygamber olarak gönderilmesinden ruhunun kabzedilmesine kadar geçen süre ise Minuçihrin dönemine rastlamaktadır.
Musadan sonra peygamber olarak Yuşa bin Nun gönderilmiş, onun peygamberliğinin yirmi yılı Minuçihrin döneminde, yedi yılı ise Efrasiyabın hükümdarlığı zamanında geçmiştir.