Ebu Bekir doğru olan görüşe göre, altmış üç yaşında iken Cumadelahirenin bitmesine sekiz gün kala (22 Ağustos 634) Salı gecesi vefat etmiştir. Vefatı sırasında kaç yaşında olduğu hakkında başka görüşler de vardır. Yahudiler Ona takdim ettikleri pirincin içerisine zehir koymuşlardı. Çorbasını zehirledikleri de söylenmiştir. Haris bin Kelede ile birlikte ondan yemiş, Haris geri çekilip Ebu Bekire: “Bizler zehirli bir yemek yedik” demişti. Bir sene boyunca bu zehirin etkisi görüldü ve bir sene sonra ikisi de vefat etti. Onun çok soğuk bir günde, yıkanıp daha sonra on beş gün ateşinin yükseldiği ve namaza çıkamadığı, bunun üzerine Müslümanlara namaz kıldırmayı Ömere emrettiği de söylenmiştir.
Hastalandığında çevresindekiler:
“Tabip çağırmayalım mı?” diye sorunca, O şu cevabı verdi: “Tabip yanıma geldi, bana: “Ben istediğimi yapacağım” dedi.” Çevresindekiler maksadını anladılar ve seslerini çıkarmadılar. Daha sonra da Ebu Bekir, vefat etti.
Halifelik süresi iki yıl üç ay on gündür. iki yıl ve dört gün eksiği ile dört ay olduğu da söylenmiştir. Fil yılından üç yıl sonra doğmuştur.
Kendisini eşi Esma ile oğlu Abdurrahmanın yıkamasını, üzerindeki iki elbise ile üçüncü bir elbisenin daha alınarak kefenlenmesini vasiyet etti ve: “Hayatta olanlar yeni elbiseye ölüden daha çok muhtaçtır, çünkü ölünün kefeni irin ve pis akıntılar içindir” diye söyledi.
Ebu Bekir geceleyin defnedildi. Resulallahın mescidinde Ömer bin Hattab Onun cenaze namazını kıldırdı ve dört defa tekbir aldı. Resulallahın üzerinde taşındığı tahta konuldu. Kabrine oğlu Abdurrahman, Ömer, Osman ve Talha Hazretleri indiler. Başı Peygamberin omuzları hizasına kondu. Lahdini Peygamberin lahdiyle bitişik yaptılar. Kabrini Peygamberin kabri gibi düzgün yaptılar. Ayşe babası için ağlayarak ağıt tertipledi, ancak Ömer onlara ağlamayı yasakladı; vazgeçmeyince, Hişam bin Velide: “içeri gir ve bana Ebu Kuhafenin kızını getir” dedi. Hişam, Ebu Kuhafenin kızı Um Ferveyi çıkardı. Ömer elindeki kırbacıyla ona birkaç darbe vurunca, bunun sesini işitenler ağıt meclisini terk edip dağıldılar.
Onun son söylediği sözler: “Müslüman olarak canımı al ve beni salihler arasına kat” sözleri olmuştur.
Ebu Bekir beyaz tenli, yanakları etsiz, kamburumsu, elbisesini yukarı doğru çekmez, ufakça yüzlü, nahif, hafif kırmızıya çalan tenli, gözleri içeri doğru çekik ve saçına kına ve boya süren birisi idi. Vefat ettiği sırada babası Mekkede ve hayatta idi.
Ebu Bekirin adı Abdullahtır. Atik olduğu da söylenmiştir.
Babasının adı: Ebu Kuhafe Osmandır. Dedesi ve diğer dedeleri sırasıyla şöyledir: Amir bin Amr bin Kaab bin Saad bin Teym bin Murre bin Lüey bin Fihr bin Malik. Nesebi Peygamberin soyu ile Murre bin Kaabda birleşir. Annesi Ummul-Hayr Selma, Sahrın kızıdır. Annesinin diğer atalarının nesebi de şöyledir: Sahr bin Amr bin Kaab bin Saad bin Teym. Resulallahın: “Sen, ateşten atik (azad)sın” dedikten sonra Onun Atik adını aldığı da söylenmiştir. Atik adının son derece zarifliği ve güzelliği dolayısıyla verildiği de söylenmiştir.
Annesi Onun Müslüman oluşundan kısa bir süre sonra islama girmiştir.
Ebu Bekir, Cahiliyye Devrinde Abduluzza bin Amir bin Lüeyin kızı Kuteyle ile evlenmiş ve ondan Abdullah ile Esma adındaki çocukları olmuştur. Yine Cahiliye Döneminde Um Ruman ile evlenmiştir. Onun asıl adı: Amir bin Amire kızı Dad olup Kinanelidir. Ebu Bekirin Ondan: Abdurrahman ve Ayşe adında iki çocuğu olmuştur. islam geldikten sonra Umeys kızı Esma ile evlenmiştir. Esma, daha önce Talibin oğlu Caferin hanımı idi. Muhammed adındaki oğlu Ondandır. Yine islam Döneminde Ensardan Harice bin Zeydin kızı Habibe ile evlenmiş ve vefatından sonra Ondan Um Gülsüm adında bir kızı olmuştur.