Mülüküt-tavaif dönemindeki hadiselerden birisi de Yunus peygamberdir. Rivayete göre, İsa bin Meryem ile Yunus bin Metta hariç, hiç bir peygamber annesine nispet edilmemiştir. Yunusun annesi Metta idi ve kendisi Musula bağlı Ninova kasabasındandı. Kavmi putlara tapardı. Allah puta tapmaktan men edip alıkoymak ve Allahın birliğine davet etmek üzere onlara Yunusu peygamber olarak gönderdi. Yunus, kavminin arasında otuz üç yıl kaldı ve bu müddet içerisinde onları tevhide davet etti; fakat bu müddet içerisinde iki kişi hariç, kavminden başka iman eden olmadı. Neticede kavminin imanından ümidini kesen Yunus onlara beddua etti, bunun üzerine Allah tarafından kendisine: “Kullarıma beddua etmekte ne kadar acele ettin! Onların yanına dön ve onları kırk gün tevhit ve dine davet et.” denildi. Bu emir üzerine Yunus geri döndü ve otuz yedi gün onları tevhide çağırdı; fakat onlardan hiç biri yine iman etmedi. Bu sefer Yunus: “Üç güne kadar size azap gelecektir. Bunun işareti ise benizlerinizin uçup solmuş olması olacaktır.” dedi. Gerçekten ertesi gün uyandıklarında benizlerinin rengi uçmuştu. Bu durum karşısında birbirlerine: “İşte Yunusun bahsettiği azap gelip çattı. Biz onun yalan söylediğini hiç görmedik. Bir bakın, eğer Yunus aramızda gecelerse azaptan emin olabiliriz, yok aramızdan çekip gitmiş ise biliniz ki azap bizi yakalayacaktır.” dediler.
Bu son davetin kırkıncı gecesi gelip çatınca, Yunus azabın geleceğini yakinen bildiğinden onların arasından çıkıp gitmişti. Ertesi gün olunca vaat edilen azap gelip onları kuşattı. Şiddetle duman saçan simsiyah ve korkunç bir bulut aniden onların üzerine çıkagelmişti. Sonra şehri kaplayan buluttan yayılan dumanlar evlerinin damlarını simsiyah hale getirdi. Nihayet bu durumu görünce helak olacaklarını anladılar ve Yunusu aramağa başladılar, fakat bulamadılar. Bunun üzerine Allah tövbe etmelerini ilham etti, onlar da tövbe konusunda samimi davranarak yaşlı bir zatın yanına geldiler ve ona: “Başımıza gelenleri görüyorsun, ne yapmamızı tavsiye edersiniz?” dediler. Yaşlı zat: “Önce Allaha iman ediniz, sonra tövbe ediniz ve: Ey dipdiri olan ve hiçbir şeye muhtaç olmadan varlığını devam ettiren, hiçbir canlının mevcut olmadığı zaman da dipdiri olan, ölüleri dirilten ve kendisinden başka ilah olmayan, dipdiri olan Rabbimiz! diyerek Allaha yalvarın.” dedi. Bundan sonra bulundukları şehirden çıkıp geniş bir arazi üzerinde bulunan yüksek bir yere geldiler ve hayvanları yavrularından ayırdıktan sonra yüksek sesle Allaha yalvarıp suçlarının bağışlanmasını istediler. Bu arada daha önce yapmış oldukları zulüm ve haksızlıklardan pişmanlık duyup hak sahiplerine haklarını iade ettiler; öyle ki, binalarında bulunan başkasına ait bir taşı bile söküp sahibine geri verdiler.
Nihayet tövbe etmeleri üzerine Allah onlardan azabı kaldırdı. Azabın kaldırıldığı gün ise Aşure gününe rastlayan bir çarşamba günü idi. Bir rivayette de azap 15 Şevval çarşamba günü kaldırılmıştı. Yunus kavminden ve onların yaşadıkları şehrin durumundan haber bekliyordu. Bu sırada yanından geçen birisine: “Kasaba halkı ne yaptı?” diye sordu. O da: “Tövbe ettiler, Allah da tövbelerini kabul edip azaplarını tehir etti.” diye cevap verdi. Bunun üzerine Yunus öfkelenerek: “And olsun ki, bir yalancı olarak onların arasına dönmeyeceğim.” dedi. Yunusun kavmi hariç, azabın gelip çattığı hiç bir kavimden Allahazabı tehir etmemişti. Bundan sonra Yunus Rabbine darılarak (veya Rabbi adına öfkelenerek) çekip gitti. Yunus hiddetli, aceleci ve sabırsız bir karaktere sahipti, bu yüzden Allah Peygambere Yunus gibi olmamasını tavsiye etmiş ve: .. Balık sahibi (Yunus) gibi olma… (Kalem 48) buyurmuştu. Yunus çekip gidince, Allahın kendisini cezalandıramayacağım, bir rivayette hapis sıkıntısına sokamayacağını sanmıştı.
Nihayet çekip giden Yunus bir gemiye binmiş ve gemi halkı şiddetli bir fırtınaya tutulmuştu. Bir rivayette ise Yunus gemiye bindiği zaman gemi hareket edip yürümemişti. Gemide bulunanlar: “Aramızda bulunan bir günahkar yüzünden gemi yürümüyor.” demişlerdi. Bunun üzerine Yunus: “Bu benim günahım yüzündendir, beni denize atın.” dedi, fakat onlar kuraya başvurmadan Yunusun isteğine uyarak onu denize atmak istemediler. Bu hususla ilgili olarak bir ayette: (Gemidekiler) kura çekti. (Yunus) yenilenlerden oldu. (Saffat 141) buyurulur. Fakat onlar, kura Yunusa isabet etmesine rağmen onu denize atmadılar. Sonra kur a işini üç defa tekrarladılar, fakat hepsinde de kura Yunusa isabet etti. Buna rağmen yine de onu denize atmamışlardı. Bunun üzerine Yunus gecenin karanlığı altında kendisini denize bıraklvermiş, o anda bir balık gelip onu yutmuştu. Bu esnada Allah balığa vahyederek onu yutmasını, fakat etini parçalamamasını ve kemiklerini kırmamasını emretti. Bunun üzerine balık onu alıp denizdeki kaldığı yere döndü. Yunus balığın deniz dibindeki kaldığı yere gelince bir takım sesler işitti ve kendi kendine: “Bu nedir?” diye söylenmeğe başladı. Bu sırada balığın karnında bulunan Yunusa Allah vahyederek: “Bu sesler, denizdeki canlı hayvanların tesbihleridir.” buyurdu. Bunun üzerine Yunus balığın karnında iken tesbih etmeğe başladı. Onun bu tesbih seslerini işiten melekler: “Ey Rabbimiz! ıssız bir yerden gelen zayıf bir ses işitiyoruz.” dediler. Allah onlara: “Bu, kulum Yunusun sesidir. Bana isyan etti, ben de onu denizdeki bir balığın karnında hapsettim.” buyurdu. Bunun üzerine melekler: “Demek bu ses, her gün Allah katına salih amelleri yükselen, salih kul Yunusun sesi ha!” dediler ve onun için Allah katında şefaatçi oldular. Yunus ise: … Karanlıklar (denizin karanlığı, gece karanlığı ve balığın karnındaki karanlık) içinde: “Senden başka ilah yoktur, seni tenzih ederim, ben zalimlerden oldum” diye seslenip. (Enbiya 87) Rabbine yalvardı. Gerçekten Yunusun daha önceden yapmış olduğu salih amelleri vardı. Bu sebeple Allah onun hakkında: Eğer o, Allahı tesbih edenlerden olmasaydı, (insanların) yeniden diriltilecekleri güne (mahşere) kadar onun karnında kalmış olacaktı. (Saffat 143, 144) buyurdu. Salih ameller, sahibini tökezlediği zaman ayağa kaldırır ve kurtarır. Nihayet: Biz onu halsiz, hasta bir vaziyette boş bir yere attık. (Saffat 145); yani Yunus yeni doğmuş çocuk gibi balık tarafından deniz sahiline atılmıştı. Yunus balığın karnında kırk gün, bir rivayette yirmi gün, diğer bir rivayette üç gün, başka bir rivayette ise yedi gün kalmıştır. Doğrusunu ise Allah bilir.
Sonra Allah, Yunusun yanında bir kabak bitkisi yarattı, bundan damlayan sütle besleniyordu. Bir rivayete göre ise, Allah emrine yabani bir dağ keçisi vermişti. Bu keçi, eski kuvvetini kazanıp yürüyebilecek güce gelinceye kadar, sabah akşam onu emzirirdi. Nihayet bir gün kabak bitkisinin yanına gelip onun kurumuş olduğunu görünce, üzülüp ağlamağa başladı, bunun üzerine Allah onu azarladı ve ona: “Helak olmasını istediğin yüz binden ziyade insana üzülmüyorsun da, bir kabak bitkisinin kurumasına üzülüp ağlıyorsun.” buyurdu.
Bundan sonra Allah kavminin yanına gitmesini ve Allahın onların tövbelerini kabul ettiğini bildirmesini emretti, o da kavminin yanına gitmek üzere yola çıktı. Giderken bir çobana rastladı, ondan Yunus un kavminin durumunu sordu. Çoban ona kavminin durumunun iyi olduğunu ve peygamberleri Yunusun dönüşünü beklediklerini söyledi, bunun üzerine Yunus çobana: “Git, onlara Yunus ile karşılaştığını söyle.” dedi. Çoban: “Bir şahit göstermeden ben bunu kavmine söyleyemem.” dedi. Bu durum karşısında Yunus ona sürüden bir keçiyi, bulundukları yeri ve bir ağacı şahit gösterdi ve: “Bunların hepsi senin Yunus ile karşılaştığına şahitlik edecektir.” dedi, bunun üzerine çoban Yunusun kavmine gidip kendisinin Yunusu gördüğünü haber verdi, fakat onlar çobanın sözüne inanmadılar ve ona kötülük yapmağa yeltendiler. Bu vaziyet karşısında çoban onlara: “Acele etmeyin, sabahı bekleyin.” dedi. Sabah olunca çoban onları yanına alıp Yunus ile karşılaştığı yere geldi ve bu yerden, keçiden ve ağaçtan kendisinin doğruluğuna dair konuşup şahitlik yapmalarını istedi. Hulasa bunların üçü de dile gelip onun lehinde şahitlik ettiler. Bu sırada Yunus orada bir yere gizlenmiş pusuda bekliyordu. Keçi şahitlik ederken dile gelip onlara: “Eğer Allahın peygamberi Yunusu görmek istiyorsanız, o şurada bulunmaktadır.” dedi; bunun üzerine tarif edilen yere gelip Yunusu buldular, ellerine ayaklarına kapanıp öptüler, sonra alıp şehirlerine götürdüler. Bundan sonra Yunus ailesi ile çocuklarının yanında kırk gün kaldı, sonra onların yanından ayrılıp şehir dışında bir yerde ibadete çekildi. Bu sırada kavminin başında bulunan hükümdar da idareyi çobana teslim ederek Yunus ile birlikte kendisini ibadete verdi ve onun arkadaşı oldu. Bundan sonra halkı kırk yıl çoban idare etti. Ancak daha sonra Yunus tekrar kavminin arasına geri döndü.
İbn Abbas ve Şehr bin Havşeb Saffat suresindeki bir ayeti delil göstererek Yunusun balığın karnından dışarı atıldıktan sonra peygamber olduğunu söylüyorlar. Bu ayette: Biz onu hasta bir halde ağaçsız, hoş bir yere (sahile) attık. Onun üzerine (gölge yapması için) kabak türünden bir ağaç bitirdik. Onu, yüz bin, ya da daha fazla insana peygamber olarak gönderdik. (Saffat 145-147) buyurulur.
Ayrıca Şehr bin Havşeb şunları söylüyor: “Cebrail, Yunusa gelip ona: Ninova ahalisine git; onları azapla korkut, zira azap gelip onlara çatmıştır. dedi. Bunun üzerine Yunus: Öyle ise hemen bir binek bulayım ve hareket edeyim. dedi. Cebrail: Bununla oyalanacak kadar zaman yok, durum çok acildir. dedi. Bu defa Yunus: Öyle ise kendime bir ayakkabı arayıp bulayım. dedi. Cebrail: Durum bundan da acildir. dedi; bunun üzerine Yunus öfkelendi ve gidip bir gemiye bindi, fakat o gemiye binince gemi hareket etmeyip durdu. Bu durum karşısında gemidekiler kura çektiler, fakat kura Yunusa isabet etti. Yunus denize atıldığı zaman bir balık geldi ve Allah tarafından: Biz Yunusu senin için bir rızık kılmadık, biz seni ancak onu korumak için gönderdik. diye bir nida geldi; bunun üzerine balık onu yuttu ve oradan ayrılıp Yunus ile birlikte Ubulleye geldi. Sonra balık buradan ayrılıp onunla Dicleye geldi ve Yunusu Ninovaya bıraktı.”