Allah her peygambere davasını ispatlayabilmesi için mucize ihsan ettiği gibi, Yahya a da ihsan etmiştir. Mucizelerinin meşhurları şunlardır;
1- Taşın dile gelmesi: İsrailoğulları yahudi hükümdarı Birinci Herodun emri üzerine Yahya ı şehid etmek için arıyorlardı. Bu haberi alan Yahya da onlardan kaçıyordu. Bu sırada bir kaya dile gelip; “Ey Allahın peygamberi! Bana gel” dedi. Yahya kayaya yaklaştığı zaman, içinin kovan gibi oyulmuş olduğunu gördü. O taşın içine girdi. Yahya ı şehid etmek üzere arayan kafirler o kayaya yaklaştıkları zaman, o kayadan kafirler üzerine oklar atılmaya başlandı. Bu durumu gören yahudiler, geriye dönüp kaçtılar. O kayanın içinden çıkan Yahya daha sonra şehid edildi.
2- Gündüz vakti yıldız göstermesi: Yahya , Allah tarafından peygamber olarak vazifelendirildikten sonra, insanları hak yola davet ediyor, onları şirk ve haramlardan sakındırıyordu. İnsanlar ona; “Hakikaten peygamber isen, bize gündüz gözü ile yıldızları göster” dediler. İnsanların bu isteği üzerine, Yahya dua etti. Allah tarafından kabul edilip gündüz güneşin çevresindeki yıldızlar görünmeğe başladı.